O comando file com a opção -i retorna o MIME type e MIME encoding para o arquivo informado.
Em conjunto com os comandos find e grep, é bem útil para encontrar encoding incorreto em arquivos.
find ./ -iname '*.php' -type f -exec file -i '{}' \; | \ grep -i -v "utf" | sort
Update 06/08/2011: corrigido. Estava faltando o ‘pipe’ antes do grep.
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